慢性乙型肝炎的根本治疗措施是抗病毒。目前明确有效的抗乙肝病毒药物有α-干扰素和以“拉米夫定”为代表的核苷类药物，我国科学家研究成功的双环醇和氧化苦参碱也具有一定的抗病毒作用，但确切疗效仍在观察中。慢性乙肝患者抗病毒治疗的适应证是血清丙氨酸氨基转移酶(ALT)高于正常的2～10倍、HBeAg和HBV- DNA阳性。
干扰素是人体内本身就存在的一种生物活性物质，最早是由英国科学家于1957年发现的。最初，科学家们把灭活的流感病毒接种于鸡胚细胞内，结果发现这些细胞可以分泌一种可溶性物质来抑制和干扰流感病毒的复制，所以将这种物质命名为“干扰素”。以后科学家们进一步发现，当人体发生任何病毒感染时，都能产生干扰素进行防御，从而进一步明确了干扰素的抗病毒作用。根据抗原成分和细胞来源的不同，可将干扰素分为 α、β和γ三种。目前临床上广泛应用的是α-干扰素，我们现在已经可以通过细胞生物学和基因工程进行工业化大批量生产。
干扰素治疗的目标是有效控制病毒感染，最大程度降低病毒复制;改善肝组织学改变、缓解临床症状、稳定肝功能;从长远来看，则是预防肝硬化和原发性肝细胞癌的发生。成人剂量为每次300万～500万单位，肌内注射或皮下注射，隔日1次或每周3次，疗程不短于半年。干扰素抗乙肝病毒的平均疗效为30%～40%，其与药物剂量、疗程成正比。
和其他抗病毒药一样，干扰素的使用也必须在专业医师的指导下进行，切不可草率行事，应掌握好适应证和禁忌证。有糖尿病、甲状腺功能亢进等自身免疫性疾病的患者，有癫痫、失代偿性肝硬化的患者以及有精神病或精神病家族史的患者不适合干扰素治疗。在开始用干扰素治疗时，患者可能出现发热、鼻塞流涕、四肢关节酸痛等类似流感的症状，部分患者甚至可能出现血清转氨酶一过性升高现象，这是药物的正常反应，不必紧张。为了减少这一副作用，可以从小剂量开始，待身体适应后改为常规剂量。发热、关节酸痛严重者可服用阿司匹林类解热镇痛药对症处理。在整个治疗期间应定期复查，目的是观察疗效和不良反应，特别是应注意有无白细胞和血小板减少。白细胞和血小板明显减少者应减少用药剂量，甚至停药。
最后，需要提醒广大患者的是，目前世界上还没有一种能叫慢性乙肝患者“大、小三阳”全部转阴的药物，即使干扰素也只能在一定程度上抑制病毒的复制。虽然我们说干扰素是乙肝病毒的克星，但这也是一种相对的概念，我们应该用科学的眼光来正确认识乙肝的抗病毒治疗。
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